โรงเรียนเมืองนครศรีธรรมราช เปิดสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2499 เป็นหลักสูตรมัธยมศึกษา (ม.1-3) สังกัดกองการศึกษาพิเศษ โดย นายชุ่ม สมพันธ์ กำนันตำบลนาเคียน เป็นผู้ก่อตั้งโรงเรียน ต่อมาได้เปลี่ยนเป็น หลักสูตร ประถมศึกษาตอนปลาย (ป.5-7) สังกัดกรมสามัญศึกษา
ปี 2515ได้ย้ายมาอยู่ที่วัดจอมล้าน (วัดร้าง) หมู่ที่ 1 ตำบลนาทราย ซึ่งมีเนื้อที่ประมาณ 21 ไร่เศษ ซึ่งเป็นที่ตั้ง โรงเรียน จนถึงปัจจุบัน
ปี 2519 กรมสามัญศึกษาได้สั่งยุบโรงเรียนเมืองนครศรีธรรมราชซึ่งเปิดสอนตามหลักสูตรประถมศึกษาตอนปลายและตั้งโรงเรียนตามชื่อเดิมแต่เปลี่ยนแปลงหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น สังกัดกองการมัธยมศึกษากรมสามัญศึกษา
ปี 2527 กรมสามัญศึกษาได้อนุมัติให้ขยายชั้นเรียนมัธยมศึกษาตอนปลาย
ปีการศึกษา 2553 ได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียนมาตรฐานสากล
ปีการศึกษา 2555 ได้ผ่านการประเมินรับรองเป็นโรงเรียนต้นแบบโรงเรียน ในฝัน รุ่นที่ 3
ปีการศึกษา 2556 เป็นสถานศึกษาแบบอย่างการบริหารและการจัดการเรียนรู้ตามผลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง
ปีการศึกษา 2557 ได้รับรางวัลชมเชยโรงเรียนรางวัลพระราชทาน ระดับมัธยมศึกษา ขนาดใหญ่ เป็นโรงเรียนผู้นำ ICT ที่มีบรรยากาศและสิ่งแวดล้อมที่เอื้ออำนวยให้เป็นโรงเรียนแห่งการเรียนรู้มีความพร้อมในด้านทรัพยากรวัสดุ เทคโนโลยี งบประมาณ และทรัพยากรบุคคล สามารถจัดการศึกษาได้อย่างดีทั้งด้านการบริหารและการจัดการหลักสูตรและการเรียนรู้ ครูและบุคลากรทางการศึกษา และการระดมทรัพยากรเพื่อการศึกษา ทำให้ผู้เรียนมีคุณภาพสูงตามมาตรฐานการศึกษาของสถานศึกษา และได้รับการพัฒนาอย่างครบถ้วนทุกด้านให้ผู้เรียนเป็น“คนดี คนเก่ง อยู่ในสังคมอย่างมีความสุข” เป็นโรงเรียนที่สามารถจัดการศึกษาได้ตามความต้องการของชุมชนเป็นที่ศรัทธาและยอมรับจากชุมชนเป็นโรงเรียนต้นแบที่สามารถเป็นแบบอย่างในการพัฒนาคุณภาพและความเสมอภาคทางการศึกษาแก่ชุมชนและโรงเรียนอื่นได้